Kenpachi hace su aparición junto a Ichimaru Gin para hacerle una visita a Byakuya Kuchiki después de que este le informe a su hermana de la sentencia tomada por la Cámara de los 46, donde mantiene un agrio intercambio de palabras con el Capitán, al igual que con Mayuri Kurotsuchi en la reunión de Capitanes en la que acusan a Ichimaru de no haber matado a los intrusos.

Una vez se informe de la invasión ryoka de Ichigo Kurosaki, Yasutora Sado, Inoue Orihime, Uryū Ishida y Yoruichi Shihōin en forma felina se dedica a buscarlos incesantemente (con un nulo sentido de la orientación) hasta que es puesto sobre aviso por su Tercer oficial Madarame Ikkaku acerca del poder de Ichigo. Finalmente le encuentra justo en el Palacio de la penitencia y entabla combate con él mientras Hanatarō Yamada y Ganju Shiba escapan y tratan de salvar a Rukia.

Aunque en principio Ichigo está totalmente abrumado por el poder de Zaraki y no puede ni cortarlo, una vez Chad es derrotado el joven shinigami logra calmarse y cortar al Capitán, ambos entrechocan sus espadas varias veces, Ichigo se confía al comprobar que Zaraki no puede liberar su Zanpakutō, es entonces cuando Zaraki destroza a Zangetsu y traspasa a Ichigo con su espada, haciéndolo caer y creyéndolo derrotado. No obstante cuando se da la vuelta Ichigo emerge con una potencia espiritual desorbitada y toma ventaja, cortando varias veces a Zaraki, sin embargo este responde y ambos comienzan a luchar tremendamente igualados.

Cuando Zaraki cree estar ante un rival que merece la pena se desprende del parche que lo limitaba y se dispone a destrozar a Ichigo, este por su parte recibe todo el poder de Zangetsu y de su Hollow interno para realziar un último ataque. Ambos chocan en una violenta explosión y acaban mortalmente heridos. Zaraki ve su espada rota y le concede a un inconsciente Ichigo la victoria.

Tras esto Yachiru se lleva a Zaraki lejos al tiempo que llama a Retsu Unohana para que cure a su malherido a