A las cinco y media de la madrugada del Viernes Santo se celebrará la Procesión del Silencio, que se llevará a cabo aunque llueva. En este caso, los cofrades participarán en la misma portando sus medallas, aunque sin revestirse con su túnica penitencial.
La procesión, organizada por la Cofradía de Nuestra Señora de la Merced, partirá de la Parroquia de San Nicolás y recorrerá el Arenal, Correo, Plaza de Santiago, Catedral, Carnicería Vieja, La Ribera, Iglesia de la Encarnación, La Ribera, Puente de la Merced, Convento de las Siervas, Parroquia de San Nicolás, Ascao, Parroquia de los Santos Juanes, donde comenzará el Santo Via Crucis.
La Procesión del Silencio es la única de Bilbao sin música y sin pasos, en la que los cofrades y el público caminan juntos, en un recogimiento que llama a la meditación y a la oración silenciosa.
Esta procesión fue instaurada en 1948 por la Hermandad de Begoña y discurría por su feligresía haciendo las tradicionales visitas al Santísimo Sacramento, influenciada por la pertenencia de muchos de sus miembros a la Cofradía de Gloria de la Anteiglesia, que tenía por titular al Santísimo Sacramento. Durante años, se concedía en ella el indulto para numerosos presos de la cárcel de Larrínaga, solicitada tanto por esta cofradía como por la de Nuestra Señora de la Merced.
Tras la suspensión de actividades de la Hermandad de Begoña en 1975, asumió su organización la Cofradía de Nuestra Señora de la Merced, que pocos años después la trasladó al Casco Viejo por la desaparición de muchos de los conventos de Begoña
