En la primera etapa, siete niños se marchan a un campamento de verano a pasar sus vacaciones, pero una vez allí son transportados al digimundo, donde conocerán a ciertos digimon que se convertirán en sus compañeros. Tras hacer frente a digimon infectados por Ruedas Negras o "Engranajes negros", y descubrir que se encuentran sobre una isla, la Isla File, tienen un primer encuentro con el que será su primer gran enemigo, Devimon, un digimon maligno que anda detrás de las ruedas y que les tiende una trampa, separando la isla en siete trozos para alejar a los que ya empiezan a ser denominados como Niños Elegidos. Éstos consiguen, sin embargo, reunirse de nuevo y vencer en un complicado combate a Devimon gracias al sacrificio de Angemon que renace convirtiéndose en un digihuevo.
La historia continua tiniendo como centro de la trama los emblemas de los Niños Elegidos. Estos emblemas, necesarios para que sus compañeros Digimon alcancen una mayor digievolución se encuentran escondidos en el continente Server o "Servidor", al cual los niños se dirigen después de salir de la Isla File. Éstos emblemas muestran el valor más importante de cada uno: Tai, el valor; Matt, la amistad; Sora, el amor; Mimi, la inocencia; Joe, la sinceridad, Izzy la sabiduría o conocimiento T.K, la esperanza. Una vez allí tendrán que eludir a un nuevo enemigo, Etemon, quien tratará por todos los medios de acabar con ellos. Después de conseguir todos los emblemas, los Niños Elegidos entablan un combate contra Etemon. En la batalla final, logran derrotarlo, gracias a MetalGreymon pero al explotar Etemon, provoca un agujero negro que transporta a Tai y a su compañero digimon, Agumon al mundo real, donde descubren que apenas ha pasado unas horas desde su viaje al Digimundo, aunque en el Digimundo en realidad pasaron varios meses. No tardan en regresar al Digimundo, tras lo cual tendrán que encontrar a sus amigos, quienes se han separado para en
