Dos años 1/2 después del final de la primera temporada, Koushiro entró a la Escuela Preparatoria Junior y es el presidente del Club de Computación. Koushirou continua teniendo un papel técnico; él monitorea el Mundo Digital y alerta a los nuevos Niños Elegidos sobre problemas que están por presentarse. Koushirou crea un plan para invadir la base de Ken; con la información de Iori sobre los pasajes de la base, también derije a Agumon y Gabumon para que creen una diversión. Más tarde, cuando la base de Ken está a punto de explotar, Koushiro les dice les dice cual es el problema y todo vuelve a la normalidad.
Junto con Wallace de América, él descubre que los nuevos Digivices tienen tres nuevas funciones, y los nombra como D-3s. Más tarde, después de salir de la escuela, Koushirou hace la teoría de que el poder de los D-3 es lo que abre la puerta del Mundo Digital. Esta teoría resulta ser correcta, y les da a los Niños Elegidos la habilidad de abrir el portal en cualquier momento y en cualquier lugar, prefiriendo a limitarse a entrar y salir del Mundo Digital por la computadora del laboratorio.
