Después del final de la primera temporada, con 14 años de edad, Yamato se convierte en el vocalista y bajista de una banda de rock llamada los Lobos Adolescentes. Es muy popular y las chicas lo persiguen para que le den su autógrafo, lo cual le molesta mucho. Una de sus más grandes fans es la hermana mayor de Davis Motomiya, Jun Motomiya, que constantemente lo persigue durante la temporada. Una vez, cuando Yamato dice que va a ir a decirle a la familia Motomiya que Daisuke no va estar por tiempo, Jun dice que sabe que está mintiendo, y lo chantajea para que salga en una cita con ella. Ella también quiere ir de campamento con él, pero él le dice que cierre sus ojos y se va; ella después lo encamina a un campamento.
Su amistad con Taichi ha cambiado considerablemente: aunque sigue habiendo signos de rivalidad, es una rivalidad basada en amistad, y se aprecian profundamente. Hay un punto en la serie cuando Taichi siente que ha abandonado a Agumon, Yamato lo golpea para hacerlo reaccionar. Al parecer empiza a desarrollar sentimientos afectivos hacia Sora.
