El Fuerte de Niebla se encuentra en la orilla norte de la desembocadura del río Valdivia, enfrentando a las otras fortificaciones del complejo: el castillo San Luis de Alba, situado en la orilla sur, y el castillo San Pedro de Alcántara, situado en la Isla de Mancera, en medio de la bahía. La idea era que las naves intrusas recibieran el fuego cruzado proveniente de estos tres bastiones. El de Niebla se construyó en "piedra viva", sobre un acantilado de regular altura, quedando su parte posterior protegida por una escarpa; su creativo diseño se adapta muy bien a la geografía del lugar.
