Se encuentra en el Altiplano de la región de Antofagasta, a menos de un kilómetro del borde oriental de la cuenca del Salar de Atacama, a los pies del volcán del mismo nombre. Su cuenca colinda al sur con la cuenca de la pequeña laguna Meñiques de la cuál lo separa un pequeño portezuelo. Generalmente los estudios asocian a las dos lagunas en un solo sistema. La laguna Miscanti se encuentra a unos 10 metros más arriba que la laguna salada Meñiques
