En 1960, el 22 de mayo, a las 15:00 horas la ciudad -y todo el sur de Chile- fue sacudida por el terremoto más intenso del que se tenga registro moderno, con un pico máximo de 9,5 grados en la escala de Richter (los medidos, ya que los medidores se rompieron). Esta catástrofe (conocida como el Terremoto de Valdivia) tuvo efectos negativos en gran parte de Chile, y la formación de tsunamis (maremotos) que afectaron hasta Hawaii y Japón. El terremoto destruyó gran parte de la ciudad, principalmente dañando los edificios de concreto construidos con tanto afán en las décadas anteriores, pero afectando menos a las más abundantes construcciones de madera y de poca altura. El maremoto que siguió al terremoto derrumbó a varias de las fortalezas de origen español. El terremoto cambió la fisonomía de la ciudad y alrededores (hundimiento de terrenos en suelo pantanoso), dejando inutilizado gran parte del río para la navegación hacia el océano.
Valdivia históricamente había sido una provincia separada de Llanquihue y Chiloé. La regionalización realizada en 1976 por la CONARA dividió el país en trece regiones, fusionando estas provincias y las de Osorno y Palena. Puerto Montt fue nombrada capital de esta nueva región, lo que provocó un sentimiento de rechazo de parte de Valdivia.
