La Colonia Alemana transformó la ciudad de Valdivia en un lugar próspero y lleno de actividad comercial y cultural. Sin embargo la primera gran catástrofe del siglo XX sobre la ciudad, el incendio general de 1909, destruyó la totalidad de las manzanas céntricas, lo que implicó una reconstrucción total de la ciudad. El casco histórico fue rebajado y desaparecieron muchos elementos clásicos de la misma, como los pequeños callejones dentro de las manzanas. Se construyeron decenas de edificios modernos, teatros y lugares como la el edificio de la Intendencia, además de la pavimentación de muchas calles y un trazado completamente nuevo de toda la ciudad, que aún hereda.
En 1960, el 22 de mayo, a las 15:00 horas la ciudad -y todo el sur de Chile- fue sacudida por el terremoto más intenso del que se tenga registro moderno, con un pico máximo de 9,5 grados en la escala de Richter (los medidos, ya que los medidores se rompieron). Esta catástrofe (conocida como el Terremoto de Valdivia) tuvo efectos negativos en gran parte de Chile, y la formación de tsunamis (maremotos) que afectaron hasta Hawaii y Japón. El terremoto destruyó gran parte de la ciudad, principalmente dañando los edificios de concreto construidos con tanto afán en las décadas anteriores, pero afectando menos a las más abundantes construcciones de madera y de poca altura. El maremoto que siguió al terremoto derrumbó a varias de las fortalezas de origen español. El terremoto cambió la fisonomía de la ciudad y alrededores (hundimiento de terrenos en suelo pantanoso), dejando inutilizado gran parte del río para la navegación hacia el océano.
