La ciudad creció convirtiéndose en un importante puerto, ya que se ubica en uno de los pocos ríos navegables de Chile y en la desembocadura de este existe una bahía apta para la construcción de obras portuarias. La importancia de esta ciudad radicaba en que, junto con el Archipiélago de Chiloé, era el enclave más austral de la costa del Pacífico y significaba un lugar estratégico de defensa para el Virreinato del Perú. Es así como esta no pertenecía a la jurisdicción de la Capitanía General de Chile, sino al gobierno de Lima. La bahía de Valdivia, llamada Corral, llegó a ser una de las más fortificadas del mundo, contando con un sistema de fuertes compuesto por un total de 17 fuertes, que resistieron ataques de piratas y corsarios holandeses e ingleses[cita requerida], quienes nunca lograron saquearla. En el año 1821 fue capturada por los fuerzas patriotas de la nueva república lideradas por el Almirante escocés Lord Thomas Cochrane en la espectacular Toma de Valdivia.
El gobierno nacional decidió aumentar la población económicamente productiva en la región, y para ello instaló una oficina en Alemania dedicada a atraer inmigrantes; proceso conocido como colonización alemana en Chile. En 1850 llegaron los primeros colonos, además de aquellos ya instalados esperando recibirlos, como Guillermo Frick. Los inmigrantes alemanes aportaron la tecnología necesaria para el desarrollo de la industria local, además de su cultura y tradiciones que la ciudad cuenta hasta hoy. Los grandes bosques de pluviselva que rodeaban a la ciudad impedían la agricultura, por lo que los colonos quemaron cientos de miles de hectáreas de bosque nativo, en incendios que duraron meses, con el objetivo de conseguir tierras cultivables.
